Erkennung einer Vielzahl von Aberrationen, von seltenen SNVs und Indels bis hin zu großen strukturellen Deletionen, einschließlich CNVs und Translokationen
Umfangreiche Anpassungsoptionen für Varianten- und Batch-Berichte sowie Datenbankverknüpfungen, um allen Anforderungen des Labors gerecht zu werden
Umfassende Auswahl an Filteroptionen, um Ihren Analysekriterien zu entsprechen
Ein hohes Maß an Sicherheit und Kontrolle durch Zugriffsberechtigungsstufen, Rückverfolgbarkeit von Benutzeraktivitäten sowie Standardisierung von Analyseprotokollen
Leistungsstark und komplementär zu SureSeq™- und CytoSure^®-NGS-Panels für die Erkennung aller Aberrationen

Interpret ist eine leistungsstarke und benutzerfreundliche NGS-Software, die die Analyse und Visualisierung einer Vielzahl von Varianten und strukturellen Abweichungen erleichtert. Ausgestattet mit umfassenden Filterfunktionen liefert die Software eine genaue Bestimmung von Einzelnukleotidvariationen (SNVs) und Indels sowie strukturellen Aberrationen, einschließlich interner und partieller Tandemduplikationen (ITDs, PTDs), Kopienzahlvariationen (CNVs), Verlust der Heterozygotie (LOH) und Translokationen. Interpret erlaubt die nahtlose Zusammenarbeit mit allen CytoSure^®- und SureSeq™-NGS-Panels und bietet flexible Zugriffsmöglichkeiten für die Datenanalyse, sei es über einen eigenständigen Computer, einen Laborserver oder ein anderes internetfähiges Gerät.

Ergänzend zum anwendungsoptimierten Panel-Design und dem hybridisierungsbasierten Ansatz der NGS-Panels, die eine beispiellose Abdeckungsgleichmäßigkeit bieten, ist Interpret ein wesentlicher Bestandteil für die konsistente und zuverlässige Erkennung von Varianten mit geringer Häufigkeit. Mit einer Vielzahl von Anpassungsoptionen und Verknüpfungen zu verschiedenen Mutationsdatenbanken ermöglicht Interpret die mühelose Übersetzung von NGS-Daten in aussagekräftige Ergebnisse. Zusätzliche Ergebnisse der Pipeline umfassen eine Reihe öffentlich zugänglicher Datenressourcen für die Annotation der erkannten Varianten, darunter ClinVar, COSMIC, dbSNP, Ensembl, gnomAD, PolyPhen und SIFT. Zusätzliche lizenzbasierte Quellen wie HGMD können bei Vorlage geeigneter Zugangsdaten integriert werden.

Mit Interpret werden Proben durch anpassbare Protokolle und optimierte Einstellungen schnell verarbeitet, um die Variantenlisten zu erstellen. Ihr Labor hat die Möglichkeit, die mit der Software bereitgestellten Protokolle zu verwenden oder über die intuitive Benutzeroberfläche eigene Protokolle zu entwickeln. Persönliche Anpassungen sind möglich für: Hardwareeinstellungen, Qualitätsmetriken, Parameter für die Variantenbestimmung und Parameter für die Variantenfilterung.

Nach der Analyse können die Ergebnisse in einem benutzerfreundlichen Variantenbrowser angezeigt werden, der eine tabellarische Darstellung der Calls und ein IGV-Fenster bietet, das für eine bessere Sichtbarkeit in einem separaten Fenster maximiert werden kann. Die Berichterstellung in Interpret erfolgt anhand von Mustervorlagen. Diese sind in hohem Maße anpassbar und können nach individuellen Anforderungen gestaltet werden.

Weitere Details

SNVs

Nach der Analyse werden alle Varianten in einer Tabelle angezeigt. Darunter befindet sich das Integrative Genomics Viewer (IGV)1-Fenster, das eine detailliertere Überprüfung der Daten und eine zusätzliche Verifizierung ermöglicht.

Abb. 1: In diesem Beispiel wurde eine seltene JAK2 V617F-SNV ausgewählt, und die von der Pipeline generierten ausgerichteten Reads können angezeigt werden.

ITDs

Erkennung von FLT3-ITDs verschiedener Größe, einschließlich Regionen, die mehrere ITDs enthalten. Beachten Sie, dass Interpret selbst ITDs, die deutlich länger als die Sequenzierungs-Read-Länge von 150 bp sind, zuverlässig identifizieren kann.

Abb. 2: Die ITD-Größen betragen (A) 174 bp, (B) 225 bp, (C) 195 bp mit zusätzlichen 6 bp, (D) 120 bp und (E) 168 bp mit zusätzlichen 69 bp.

PTDs

In Verbindung mit dem Expertenpanel-Design von SureSeq™ bietet Interpret eine robuste Erkennung aller Größen von PTDs in KMT2A.

Abb. 3: Nachweis einer KMT2A-PTD, die die Exons 2–8 überspannt.

Translokation

Interpret erkennt agnostisch Split-Reads im gesamten Genom und ermöglicht so den Nachweis sowohl bekannter als auch unbekannter Translokationspartner.

Abb. 4: BCR-ABL-Translokation. Es werden Split-Reads erkannt, die sowohl BCR (linkes Panel) als auch ABL1 (rechtes Panel) abdecken, was auf die BCR-ABL-Genfusion hinweist..

CNVs

Interpret ermöglicht die Erkennung von CNVs, die vom Verlust eines einzelnen Exons bis hin zu vollständigen Chromosomenarmen und Trisomien reichen.

Abb. 5: Nachweis einer Trisomie 12 mit dem SureSeq™ CLL + CNV V3 Panel, der eine zuverlässige Gain-Feststellung über das gesamte Chromosom hinweg zeigt.

LOH

CytoSure^® Constitutional NGS-Panel, analysiert mit Interpret.

Abb. 6: 30-Mb-Deletion auf Chromosom 5 und LOH über die Deletion hinweg. (A) Details zu den Proben und Mutationen werden in Tabellenform angezeigt. (B) Die CNV-Daten werden in einem log2 Ratio Plot angezeigt, und (C) ein b-Allel Plot zeigt das in der Probe vorhandene LOH.

Basic Variant Attributes	Variant Call Attributes	Consequence/ Severity Predictions	Population Frequencies	Classification/ Pathogenicity	Genes, Exons and Proteins	Region/ Variant Lists
Chromosome	Total Depth	Most Severe Consequence	rsID	ClinVar Significance	Gene ID	Region Lists
Start	Ref / Alt Depth	Impact	Minor Allele / Freq		Gene Symbol	Variant Lists
End	Allele Frequency	Terms	American Minor Allele / Freq		Transcript ID
Genome Build	Quality Score	PolyPhen Prediction	European Minor Allele / Freq		Protein ID
Ref	Ref / Alt Quality	PolyPhen Score	African Minor Allele / Freq		Exon ID
Alt	Log Ratio	SIFT Prediction	South Asian Minor Allele / Freq		Exon Number
Genotype	Ref Reads (+) / (-)	SIFT Score	East Asian Minor Allele / Freq
	Alt Reads (+) / (-)
	Ref Strand Bias
	Reads Placed Left / Right

Tabelle 1: Übersicht über die vielfältigen Filteroptionen, die in Interpret verfügbar sind.

Referenzen

1. Helga Thorvaldsdóttir, James T. Robinson and Jill P. Mesirov. Integrative Genomics Viewer (IGV): high-performance genomics data visualization and exploration. Briefings in Bioinformatics 14(2), 178-192 (2013).

Disclaimer

SureSeq™ und CytoSure^® sind Produkte für „Research Use Only“ (RUO, nur für Forschungszwecke), was bedeutet, dass der Hersteller keine Validierung für den Einsatz als In-vitro-Diagnostikum durchgeführt hat. Gesundheitseinrichtungen, die RUO-Produkte für diagnostische Zwecke verwenden möchten, tun dies auf eigene Verantwortung und müssen die in ihrer Region geltenden Vorschriften und Bestimmungen einhalten. Beispielsweise gilt für die EU die Verordnung (EU) 2017/746 (IVD-R). Sysmex kann eine solche diagnostische Verwendung nicht unterstützen.

Hersteller und Trademark: SureSeq™ und CytoSure^®(Oxford Gene Technology IP Limited)

Spezifikationen

Anforderung	Minimum	Empfohlen
Memory (RAM)	16 GB	32 GB (64 GB für MRD)
CPU cores	8+ logische Kerne bei 2+ GHz	16 CPUs (36 CPUs für MRD)
Speicherplatz (Festplatte)	500 GB	2 TB
Betriebssystem	Windows 10 Pro oder neuer (+ Virtual Machine) Jeder Unix-unterstützender Docker CE (keine VM)
Grafikkarte	keine spezifischen Anforderungen
Virtualisierung (VT-x) muss in BIOS aktiviert sein